ഇന്ത്യയില്‍ ആദ്യമായി ഇസ്‌ലാം കടന്നുവന്നത് കേരളത്തിലാണ്. മുഹമ്മദ് നബിയുടെ ജീവിതകാലത്തുതന്നെ (എ.ഡി. 571-632) ഇസ്‌ലാം കേരളത്തിലെത്തിയെന്നത് പ്രസിദ്ധമാണ്. നബിയുടെ അനുചരന്മാരുടേതായി കേരളത്തില്‍ കാണപ്പെടുന്ന ഖബറുകളുണ്ട്. ഇവയില്‍ എഴുതപ്പെട്ട അറബിലിപികളുടെ കാലം, അവയില്‍ രേഖപ്പെടുത്തിയ വര്‍ഷങ്ങള്‍ എന്നിവ നബിയുടെ കാലത്തുതന്നെ ഇവിടെ എത്തിയെന്നതിന് തെളിവു തരുന്നു.
കേരളചരിത്രത്തിലെ സുപ്രധാനസംഭവമാണ് ചേരമാന്‍പെരുമാള്‍ എന്ന രാജാവ് മക്കയില്‍പോയി ഇസ്‌ലാം സ്വീകരിച്ചത്. കൊടുങ്ങല്ലൂര്‍ കേന്ദ്രമാക്കിയായിരുന്നു പെരുമാളുടെ ഭരണം. കേരളതീരത്തു കപ്പലിറങ്ങിയ അറബിയാത്രക്കാരില്‍നിന്ന് നബിയെയും ഇസ്‌ലാമിനെയും കുറിച്ചറിഞ്ഞ പെരുമാള്‍ ഭരണം മറ്റു ചിലരെ ഏല്‍പ്പിച്ച് അറേബ്യയിലേക്ക് പോവുകയായിരുന്നു. തിരിച്ചുവരുമ്പോള്‍ അറേബ്യയിലെ ശഹര്‍ മുഹല്ലഖയില്‍വെച്ച് മരണപ്പെടുകയാണുണ്ടായത്. മരണപ്പെടുന്നതിനുമുമ്പ് പെരുമാള്‍ ഏല്‍പ്പിച്ച കത്തുമായി മാലികുബ്‌നു ദീനാറിന്റെ നേതൃത്വത്തില്‍ ഒരു സംഘം എ.ഡി. 644 ല്‍ കൊടുങ്ങല്ലൂരിലെത്തി. കൊടുങ്ങല്ലൂരിലെ അപ്പോഴത്തെ പെരുമാള്‍ മാലിക് ദീനാറിനെയും സംഘത്തെയും സ്വീകരിക്കുകയും ഒരു പള്ളിയുണ്ടാക്കാന്‍ അനുവദിക്കുകയും ചെയ്തു.
കേരളത്തില്‍ 1498 വരെയുള്ള കാലഘട്ടത്തില്‍ മുസ്‌ലിംകള്‍ കച്ചവടവും കടല്‍യാത്രയുമായി കടന്നുവന്ന ഭരണാധികാരികളായ ഹിന്ദു രാജാക്കന്മാര്‍ മതപരമായും സാമൂഹികുമായ എല്ലാ അവകാശങ്ങളും അവര്‍ക്ക് അനുവദിച്ചുപോന്നു. 1498 ല്‍ വാസ്‌കോഡഗാമയുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ പോര്‍ച്ചുഗീസുകാരുടെ വരവോടെ കേരളമുസ്‌ലിംസമൂഹത്തിന്റെ ശാന്തജീവിതം തകര്‍ന്നു. സത്യസന്ധതയിലൂടെയും വിശ്വസ്തതയിലൂടെയും മുസ്‌ലിംകള്‍ക്ക് കച്ചവടരംഗത്തു ലഭിച്ചിരുന്ന മേല്‍ക്കൈ വഞ്ചനയിലൂടെയും അക്രമത്തിലൂടെയും തട്ടിയെടുക്കാനായിരുന്നു പോര്‍ച്ചുഗീസുകാരുടെ ശ്രമം. കച്ചവടത്തിന്റെ കുത്തക പിടിച്ചെടുക്കുന്നതിലും തങ്ങളുടെ മതം കേരളീയരില്‍ അടിച്ചേല്‍പ്പിക്കുന്നതിലും ഒരുപോലെ അവര്‍ ശ്രമിച്ചു. അറബികളുമായി വ്യാപാരബന്ധം നിലനിര്‍ത്തിയിരുന്ന സാമൂതിരി പോര്‍ച്ചുഗീസുകാരുടെ തന്ത്രങ്ങളെ ചെറുത്തു. കേരളമുസ്‌ലിംകള്‍ ഇക്കാര്യത്തില്‍ സാമൂതിരിക്ക് ശക്തമായ പിന്തുണ നല്‍കി. പോര്‍ച്ചുഗീസുകാര്‍ക്കെതിരെ മുസ്‌ലിംകള്‍ നടത്തിയ പോരാട്ടങ്ങള്‍ക്ക് ദീര്‍ഘവീക്ഷണവും ലോകപരിചയവുമുള്ള പണ്ഡിതന്മാര്‍ നേതൃത്വം നല്‍കി. സൈനുദ്ദീന്‍ മഖ്ദൂം ഒന്നാമന്‍, സൈനുദ്ദീന്‍ മഖ്ദൂം രണ്ടാമന്‍, ഖാദി മുഹമ്മദ് തുടങ്ങിയ പണ്ഡിതന്മാര്‍ എഴുത്തിലൂടെയും പ്രഭാഷണങ്ങളിലൂടെയും ശക്തമായ സമരാഹ്വാനങ്ങള്‍ നടത്തി. ഹിന്ദുസമൂഹവും മുസ്‌ലിംസമൂഹവും ഒന്നിച്ചണിനിരന്ന് വൈദേശിക ആക്രമണകാരികളെ പ്രതിരോധിച്ച ആ കാലഘട്ടത്തെക്കുറിച്ച് എഴുതപ്പെട്ട ആദ്യ ചരിത്രപുസ്തകം ശൈഖ് സൈനുദ്ദീന്‍ മഖ്ദൂം രണ്ടാമന്റേതാണ്. അദ്ദേഹത്തിന്റെ ആഹ്വാനം സ്വീകരിച്ചാണ് കൊച്ചിയില്‍ വ്യാപാരികളായിരുന്ന കുഞ്ഞാലിമരക്കാര്‍ ഒന്നാമന്‍ പോര്‍ച്ചുഗീസുകാര്‍ക്കെതിരെയുള്ള നാവികസേനയുടെ നേതൃത്വം ഏറ്റെടുക്കുന്നത്. പോര്‍ച്ചുഗീസുകാര്‍ക്കുശേഷം മലബാറില്‍ ഡച്ചുകാരും അവരെത്തുടര്‍ന്ന് ഫ്രഞ്ചുകാരും വന്നപ്പോഴും കേരളതീരത്തെ മുസ്‌ലിം വ്യാപാരസമൂഹത്തിന് അത് ദോഷകരമായി ബാധിച്ചു. നല്ലൊരു വിഭാഗം ജനങ്ങള്‍ തീരപ്രദേശത്തുനിന്ന് കിഴക്കന്‍ ഉള്‍നാടുകളിലേക്ക് കുടിയേറാന്‍ ഇതു കാരണമായി. കച്ചവടം ഉപേക്ഷിച്ച് കൃഷിയെ അവര്‍ ഉപജീവനത്തിനായി തിരഞ്ഞെടുത്തു.
തീരപ്രദേശത്തുനിന്നും ഉള്‍നാടുകളിലെത്തിയ മുസ്‌ലിംകള്‍ക്ക് അവിടെ നേരിടേണ്ടിവന്നത് ജാതീയതയായിരുന്നു. ഭൂമിയുടെ ഉടമകളെല്ലാം ഉയര്‍ന്ന ജാതിക്കാരായ ജന്മികളായിരുന്നു. ഉള്‍നാടുകളിലെത്തിയ മാപ്പിള കര്‍ഷകരെയും താഴ്ന്നവരായാണ് ജന്മിമാര്‍ കണ്ടത്. കുടിയാന്മാര്‍ക്കുനേരെയുള്ള പീഡനങ്ങളും ദ്രോഹങ്ങളും ദൈവവിധിയായിക്കരുതാന്‍ വിശ്വാസം അനുവദിക്കാത്തതിനാല്‍ സ്വാതന്ത്ര്യബോധമുള്ള മാപ്പിള കുടിയാന്മാര്‍ പ്രതിഷേധിക്കാന്‍ തുടങ്ങി. പ്രതിഷേധങ്ങള്‍ ലഹളകളായി മാറി
മലബാറിന്റെ ഭരണം മൈസൂര്‍ രാജാവായ ഹൈദരലിയുടെ കൈവശമെത്തുന്നതുവരെ ഈ നില തുടര്‍ന്നു. താഴ്ന്ന ജാതിക്കാര്‍ കാലങ്ങളായി തുടര്‍ന്നുവന്ന അടിമത്തം ഇനി വേണ്ടെന്ന് ഹൈദരലി വ്യവസ്ഥ ചെയ്തു. അതിനുശേഷം ടിപ്പു സുല്‍ത്താന്റെ ഭരണകാലത്തും കര്‍ഷകരുടെയും സാധാരണക്കാരുടെയും സംരക്ഷണത്തിനുവേണ്ടിയുള്ള പല പരിഷ്‌കാരങ്ങളും നടപ്പാക്കി. മൈസൂര്‍ സുല്‍ത്താന്മാരുടെ കാലത്താണ് കര്‍ഷകര്‍ക്ക് അവര്‍ കൃഷി ചെയ്തുകൊണ്ടിരുന്ന ഭൂമിയില്‍ ആദ്യമായി ചില അധികാരങ്ങള്‍ കിട്ടിയത്. അയിത്താചാരങ്ങള്‍ നിയന്ത്രിച്ചും വിവാഹസമ്പ്രദായം, വസ്ത്രധാരണരീതി എന്നിവയില്‍ പരിഷ്‌കാരങ്ങള്‍ വരുത്തിയും സമൂഹത്തില്‍ ഗുണപരമായ മാറ്റങ്ങളുണ്ടാക്കിയതിലും ടിപ്പു സുല്‍ത്താന്‍ പങ്ക് വഹിച്ചു.മൈസൂര്‍ സുല്‍ത്താന്മാര്‍ക്കുശേഷം ആധിപത്യം നേടിയ ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ സാധാരണക്കാരായ കര്‍ഷകര്‍ക്കെതിരെ ജന്മിമാര്‍ക്ക് അനുകൂലമായ സമീപനമാണ് സ്വീകരിച്ചത്. മരണമടയുന്ന മുസ്‌ലിമിന്റെ സ്വത്തിന്റെ അഞ്ചിലൊന്ന് വരെ മരണനികുതിയായി വാങ്ങാന്‍ അക്കാലത്ത് നായര്‍ പ്രഭുക്കന്മാര്‍ക്കും ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ക്കും അധികാരമുണ്ടായിരുന്നു. ഇത്തരത്തിലുള്ള അനേകം അനീതികള്‍ക്കും അടിച്ചമര്‍ത്തലുകള്‍ക്കും എതിരെയുള്ള പ്രതികരണങ്ങള്‍ കേരളചരിത്രത്തില്‍ മലബാര്‍ കലാപം എന്നപേരില്‍ അറിയപ്പെടുന്നു.